На этом посту он сменил Кайрата Сатжанова, который по собственному желанию покинул сборную. Мырзагали Айтжанов является личным тренером бронзового призера Олимпиады и чемпиона мира Сакена Бибосынова.

Ранее он уже возглавлял национальную команду. Он был главным тренером с 2009 года по 2018 годы. С его именем связаны многие главные исторические успехи отечественной сборной. Так, на Олимпийских играх в Лондоне чемпионом и обладателем Кубка Вэла Баркера стал Серик Сапиев, на Играх в Рио-де-Жанейро — Данияр Елеусинов.
Вместе с Мырзагали Айтжановым команда также завоевала пять золотых медалей на чемпионатах мира (4 в 2013 году, 1 — в 2017).